Ecosistema
La mayor parte del municipio está cubierto de selva baja caducifolia, asociada en ocasiones a vegetación secundaria arbustiva y arbórea; al oriente presenta algunas zonas de pastizales inducidos y áreas reducidas de bosques de encino.
Por último en áreas dispersas en todo el municipio se encuentran espacios dedicados a la agricultura de temporal, que están creciendo a costa de la vegetación natural.
Hidrografía.
Ajamilpa
Su territorio pertenece a la cuenca del Atoyac. Al extremo es cruzado por el Río Atoyac, el único de carácter permanente con que cuenta el municipio; sin embargo, presenta una gran cantidad de arroyos intermitentes que bañan al municipio siempre de este a oeste, sirviendo de tributarios del Atoyac.
El río Ajamilpa es un Brazo del río que atraviesa el pueblo. Apenas unido por las lluvias de verano, que bajan de las barrancas que se encuentran al oriente de la población, barrancas que son conocidas como “las pozas cerca del rancho el rincón”.
Orografía
Jolla, Zacapala Rodeado de Cerros
El municipio pertenece por completo a los llanos de Tepexi, planicie que forma parte de la meseta poblana; sin embargo el relieve es bastante complicado. Al noroeste, el terreno alcanza su mayor altura (1700 metros sobre el nivel del mar), presentando un declive suave y regular en dirección noroeste-sureste, apenas interrumpido por el cerro de la Cruz.
Continuando al sureste, el declive se vuelve más abrupto y cambia drásticamente de rumbo ahora de este a oeste, en dirección del Río Atoyac.
El descenso es irregular, presentando tanto zonas planas a distintos niveles, como formaciones orográficas, entre las que destacan los cerros Palo Liso, Comaltepec, Gordo, el Campamento, el Duende y mesas como mano de Buey, la Palma y San Mateo.
Al extremo sur-oeste presenta su menor altura, en la ribera del Atoyac (110 metros sobre el nivel del mar).
Climas y Recursos Naturales.
Climas
Se pueden identificar dos climas según los registros.
Clima cálido subhúmedo, con lluvia en verano: temperatura media anual entre 22 y 32°C; temperatura del mes más frío mayor de 18°C; precipitación del mes más seco menor de 60 milímetros; lluvia invernal con respecto a la anual es menor de 5%. Es clima predominante, se identifican en toda la porción oriental.
Clima semicálido subhúmedo, con lluvias en verano: temperatura media anual entre 22 y 32°C; temperatura del mes más frío mayor de 18°C; precipitación del mes más seco menor de 60 milímetros; lluvia invernal con respecto a la anual es menor de 5, se presenta al noroeste y sureste.
Recursos Naturales
Zacapala se encuentra en una zona semiárida, aun así las cosechas en productos agrícolas han formado parte del sustento principal del municipio. Algunos otros recursos son las zonas áridas, además de contar con algunos montículos y arena de barranca.
Se trabaja la tierra; sembrando Maíz, Calabaza, Tomate, Cebolla, Fríjol, entre otras hortalizas, así como Aguacate, Anona, Zapote Negro entre otros frutos.